הסדרה ירושלים לדורותיה מגוללת את תולדות העיר ירושלים לאורך כארבעת אלפים שנה מראשית האלף השני לפנה"נ - תקופת הברונזה - ועד אמצע המאה העשרים לסה"נ - ערב הקמתה של מדינת ישראל. הסדרה עוסקת בתולדות העיר, עומדת על סוד מעמדה המיוחד בהיסטוריה ובזיכרון של עמים, דתות ותרבויות ומסבירה מה מייחד אותה ומעניקה לה חיוניות היסטורית שנים כה רבות.
היא מתחקה אחר הגורמים שעשו אותה מוקד של התעניינות כלל- עולמית, ונדרשת לשאלה כיצד זכתה למעמד מיוחד לא רק במישור ההיסטורי-הראלי, אלא גם במישור המטא-היסטורי, וכיצד נתייחד לה מקום מרכזי בעולם הנחמה ובחזון אחרית הימים.
היחידה החמישית - ירושלים בתקופה האסלאמית הראשונה - עוסקת בתולדות העיר מכיבושה בידי המוסלמים בשנת 638 ועד הכיבוש הצלבני בשנת 1099. במהלך התקופה הנידונה ירדה חשיבותה המדינית של העיר, אך יוקרתה הדתית בעיני המוסלמים עלתה, ומעמדה התעצב כעיר השלישית בקדושתה באסלאם (אחרי מכה ומדינה). הח'ליפים מבית אומיה יזמו את הבנייה המונומנטלית ברחבת הר הבית, "אלחרם אלשריף": כיפת הסלע ומסגד אלאקצא, והטביעו את חותם האסלאם בנופה הפיזי של העיר.
ליהודים הותר לשוב ולהתיישב בעיר, וזו הייתה למקום מושבה של ההנהגה היהודית ליהודי ארץ-ישראל והתפוצות. בני שלוש הדתות המונותאיסטיות התגוררו בעיר אלה בצד אלה - מצב שהיה רווי מתיחות וחיכוכים, אך גם הוליד קשרים מקומות משותפים לעלייה לרגל.