מערכות מידע חשבונאיות חשופות למכלול רחב של סיכונים. מאמץ ההגנה על המערכת הינו תהליך מתמשך הכרוך במשאבים רבים ודורש ידע ומיומנות. במהלכו מיושמות טכנולוגיות אבטחת מידע בצורה שקולה ורציונלית, תוך התבססות על מדיניות ונוהלי אבטחת מידע.
אבטחת מידע חשובה לא פחות מאמצעים אחרים המשולבים במערכות מידע חשבונאיות והמיועדים להבטיח את האמינות, השלמות והדיוק של מאגרי המידע.
מחדלי אבטחת מידע עלולים לגרום לביצוע שינויים בלתי מורשים בתוכן של הנתונים החשבונאיים או בתוכנות היוצרות אותם, דבר המטיל ספק בתקפותם ונכונותם.