ראשיתו של בית הכנסת כמוסד דתי ונסיבות היווצרותו שרויות באפלה. הנקודה היחידה שהחוקרים מסכימים לגביה היא שבית הכנסת כמוסד הוא קדום מהשרידים הפיזיים שנמצאו בשטח. היעדר כל ראיה חומרית שתאפשר לכתוב את תולדות בית הכנסת בראשיתו וניסיונות שונים להסתמך על מקורות כתובים העלו כמה תיאוריות, ספקולטיביות בחלקן. ממקורות שונים עולה שבית הכנסת על כל השלבים בתולדותיו, שימש במגוון תפקידים מקבילים, הן ליטורגיים והן חברתיים, ונשאלות שאלות כמו: אילו מהתפקידים הללו התגבשו כייחודיים ושונים ממוסדות אחרים, כיצד ומתי התפתח בניין בעל מאפיינים ייחודיים ששירת אותם ומתי החלו לבלוט התפקידים הדתיים דווקא.